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Anch'io stavo sbattendo la testa su cpdir ma non riesc oa farlo funzionare come voglio.

Personalmente ho risolto anch'io tramite il seguente script (tipo di esercizio: copiare file che inziano con un certo pattern da un ramo del FS ad un altro, mantenendo la struttura delle dir):

--------

#!/usr/bin/sh
# uso: <nomescript> origine destinazione pattern

for i in $(find $1 -type d) # dir del ramo passato come arg 1
do
mkdir -p "$2/$i" # ricrea la struttura nel path passato come arg 2
done
for j in $(find $1 -type f -name "$3*") #i files da copiare
do
cp "$j" "$2/$j"
done

----------

La soluzione però non mi piace per più motivi, fra tutti il fatto che ricreo la struttura del ramo scelto partendo comunque da / e che creo anche directory vuote. Se qualcuno riuscisse a usare cpdir...

Poi, tornando al problema dei files eseguibili, credo che la soluzione che prevede ls -F abbia un problema: provate a fare un touch "prova*", il file non sarà eseguibile ma verrà comunque incluso dallo script.